蛋白质在高温下，它的氨基酸结构便会改变。在实际应用中，对鱼粉而言，它的消化率会降低。在传统的流程里，到了干燥的**步骤，并没有足够的湿度保护蛋白质， 因此加热会导致温度继续升高， 蛋白质就会产生焦化现象而受损。为避免蛋白质受损， 在生产过程中，使用二阶段的间接热风干燥处理方法，而不是一般传统的直火干燥系统。这是保持鱼粉高消化率的关键点。在对家禽、鲑鱼、貂及虾类饲养中已被证实，使用同样新鲜原料，这种处理方式，比一般传统蒸汽干燥系统所生产的鱼粉，在体内能增加2%的消化率。
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